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Por el estado delicado de salud de Mons. Magín C. Torreblanca, el Papa Juan Pablo II aceptó su renuncia y eligió en 1997, a Mons. Carlos Aguiar Retes, originario de Tepic, como tercer Obispo de Texcoco, consagrado el 29 de Junio del mismo año. El tercer obispo de Texcoco se caracterizó por ser un pastor entusiasta, lleno de optimismo y sabiduría.
Siendo ya obispo, es nombrado Secretario General del CELAM el 25 de mayo del 2000, para el cuatrienio 1999-2003.
 
El 15 de mayo del 2003 durante la XXIX Asamblea Ordinaria del CELAM en Paraguay, es elegido Vicepresidente Primero del CELAM, posteriormente, el 13 de noviembre del 2003, fue nombrado Secretario General de la CEM, durante su LXXVI Asamblea Ordinaria para el Trienio 2004-2006.
 
Durante la LXXXII Asamblea Ordinaria de la CEM en noviembre de 2006, es nombrado Presidente para el trienio 2007-2009. El 8 de marzo de 2007, su Santidad Benedicto XVI lo nombró miembro del Pontificio Consejo para el Diálogo Inter-religioso.
 
En mayo de 2007 participa en la V Conferencia General del Episcopado Latinoamericano y del Caribe. Durante la XXXI Asamblea Ordinaria del CELAM es nombrado Presidente del Departamento de Comunión Eclesial y Diálogo para el período 2007-2010.
Después de que Mons. Carlos Aguiar Retes realizó la primera visita pastoral de la diócesis en los años de 1999-2001, se dio cuenta que era necesaria una renovación pastoral.
 
El conocimiento de la realidad diocesana lo llevó a realizar un proyecto diocesano de evangelización y renovación pastoral. Dicho proyecto quería hacer vida la doctrina del Concilio Vaticano II y responder a la llamada de la Nueva Evangelización. El proyecto diocesano tendría que ser nuevo en su ardor, al fomentar la espiritualidad de comunión; nuevo en sus métodos, al adoptar la metodología prospectiva; y nuevo en sus expresiones, al realizar una pastoral orgánica y de conjunto.
 
Los retos pastorales y las encomiendas que se le confiaron a Mons. Carlos Aguiar, hizo necesario que la Santa Sede le concediera un Obispo Auxiliar en la persona de Mons. Juan Manuel Mancilla Sánchez, el 23 de mayo del 2001 y consagrado Obispo el día 24 de junio del mismo año.
Tuvieron que pasar seis años para elaborar el Plan Diocesano de Pastoral que culminó en la III Asamblea Diocesana de Pastoral en noviembre de 2006.
 
Contribuyeron en su elaboración nuestros señores obispo, Mons. Carlos Aguiar Retes, obispo residencial y Mons. Juan Manuel Sánchez, obispo auxiliar, así como Mons. Víctor René Rodríguez, vicario de pastoral y el presbiterio de la diócesis. La coordinación de la Pastoral Diocesana estuvo en manos del EDAP (Equipo Diocesano de Animación Pastoral).
 
La Organización de Acción y Animación Pastoral Diocesana quedó estructurada en 5 niveles: 1º Nivel: Pastoral Comunitaria; 2º Nivel: Pastoral Sectorial; 3º Nivel: Servicios Pastorales; 4º Nivel: Pastoral Ministerial; 5 º Nivel: Estructuras Pastorales.
 
La Nueva Estructura de Pastoral Diocesana pide que cada Vicaria Episcopal y cada Parroquia tengan organizadas las siete pastorales contenidas en Plan Diocesano de Pastoral: Misionera, Catequética, Juvenil-Vocacional, Familiar, Litúrgica, Social y de Vocaciones y Apoyo al Seminario. Además de que las parroquias deben de contar con su Consejo Parroquial de Pastoral y su Equipo Parroquial de Animación Pastoral.
 
Mons. Carlos Aguiar se preocupó por impulsar la formación permanente del clero a través de las reuniones por generación que se realizan dos veces por año. Se ha continuado con las reuniones del presbiterio los terceros jueves de mes y con los ejercicios espirituales en el verano, además que se han implementado cursos de actualización teológica para el clero en el Seminario Diocesano.

Durante el episcopado de Mons. Aguiar se ordenaron 55 sacerdotes y fueron nombrados tres Obispos del clero Diocesano: Mons. Luis Artemio Flores Calzada, Mons. Víctor René Rodríguez Gómez y Mons. Francisco Escobar Galicia.
 
En el año 2009 se erige la nueva Diócesis de Teotihuacán, y de un total de 168 Sacerdotes Diocesanos, quedaron para Texcoco 115 y 53 pasaron a la nueva diócesis.